第二賽段從圣羅莎拉潘帕到圣拉斐爾，賽段距離295公里，行駛路段487公里。賽段中設有四個CP點和一個加油點。當天參加摩托車組比賽的車手有177人，首個賽段斬獲賽段冠軍的智利車手勒普茲于當地時間上午5點從起點大營率先發車，科馬和皮佐里托等緊隨其后。當天的賽段開始部分是由速度較快并且寬闊的路面組成，但是在170公里以后的路段就開始變得狹窄多彎并且遍布碎石。賽段的最后一個部分是由火山灰構成的灰色沙漠地形組成風力較大。
衛冕冠軍科馬在當天的節奏依舊穩定，不過在比賽的第一個高速路段他只能跟住勒普茲的Aprilia賽車，在體現車手控車技術的沙漠路段科馬超越了對手并在沖過終點之后取得了領先，西班牙人完成比賽后領先德普雷1分18秒。
“今天這個賽段一開始的部分速度非常快，而勒普茲和我都是以全速行駛，他的賽車非常非常快。在那之后我們來到了賽段的第二個部分主要以沙漠為主，這樣的路段很考驗車手技術和辨別方向的能力，我在這個路段取得了領先并且最終保持住了，因此今天對我來說很棒，”科馬賽后表示。
和對手相比，第13位發車的德普雷在高速賽段不斷地超車，而他也感謝其他車手及時地給他了超越空間。排在第三位的西班牙車手波特落后2分33秒，他的表現令人驚訝。而首個賽段領跑的勒普茲排在第四，他在賽后表示并未開始考慮總成績只是希望能夠跟住對手。
分列五到六位的車手是普利茲剛斯琪和加斯圖。值得一提的是比賽開始以后KTM車手法利亞在賽段4公里處賽車停了下來，但是隨后他又再度回到比賽中去。而美國車手斯雷特在234公里處賽車機械故障并且無法獨立完成修復面臨退賽。
第二賽段結束之后摩托車組總成績方面科馬用時3小時40分12秒取得領先，勒普茲落后2分30秒，德普雷落后2分52秒分列二三。結束第二賽段之后，車手們將在當地時間1月3日從圣拉斐爾出發前往圣胡安，賽段里程數270公里，行駛路段291公里。
