電噴系統是一個精密而復雜的系統，對發動機的運轉性能有很大的影響，不論是該系統的ECU、控制線路還是其它任何一個傳感器、執行器出現故障，都會在一定程度上影響發動機的起動性、運轉穩定性、動力性、經濟性等。
而造成電噴發動機不工作或工作不正常的原因可能是電子控制系統，也有可能是電子控制系統以外其它部分的問題，也可能是機械方面的；而且不同車型的電噴系統往往有很大的差異，故障檢查的難易程度也不一樣，因此給故障的檢查與排除帶來一定的困難。
如果我們能夠遵循電噴摩托車故障診斷的一些基本原則，故障的診斷與排除便可迎刃而解。電噴摩托車故障診斷排除的基本原則可概括為以下幾點。
1、先外后內
在發動機出現故障時，先對電子控制系統以外的可能故障部位予以檢查。這樣可避免本來是一個與電子控制系統無關的故障，卻對系統的傳感器、ECU、執行器及線路等進行復雜且又費時費力的檢查，即真正的故障可能是較容易找到卻未能找到。
以進氣系統為例，ECU主要根據空氣流量計測得的空氣流量或進氣管壓力傳感器測得的進氣歧管壓力來控制噴油量，因此進氣系統密封不嚴而漏氣會導致發動機失調，造成怠速不穩、易熄火、動力性和加速性變差，對系統的影響程度要比化油器式發動機要大得多。
診斷進氣系統故障時，首先應按未裝電控元件的基本診斷程序進行檢查排除；如故障仍未排除，并確認是進氣系統發生了故障時，首先應拆除空氣濾清器，進行目測檢查，排除一些一般性故障因素。
檢查的內容包括如下項目：
（1）檢查空氣濾清器濾芯及其周圍是否有臟物、雜質或其它污染物，必要時更換。
（2）檢查進氣管是否破裂、漏氣、老化或擠壞。
（3）檢查各傳感器與電腦的連接電線束是否松動或斷開，電線是否有磨破或線間短路、斷路的現象，電線插接頭是否插接就位，有無腐蝕現象等。
（4）檢查各傳感器是否有明顯的損傷。
2、先簡后繁
能以簡單方法檢查的可能故障部位先予以檢查。比如直觀診斷最為簡單，我們可以用看、摸、聽等直觀檢查方法將一些較為顯露的故障迅速地找出來。
直觀診斷未找出故障，需借助儀器儀表或其它專用工具來進行診斷時，也應對較容易檢查的先予以檢查。
3、先熟后生
由于電噴系統的構造和工作原理比較復雜，不同車型的電噴系統往往有較大的差異，在檢查與排除電噴系統的故障時，必須了解各電噴系統的工作原理和構造特點，參閱需修車型的詳細技術資料。
4、代碼優先
由于電噴系統愈來愈復雜，當發生故障時要判斷故障的部位就更困難。為方便檢修，現代電噴摩托車一般都有故障自診斷功能。
當電噴發動機運行時，故障自診斷系統監測到故障后，便以代碼的方式將該故障儲存到電腦的存儲器內，同時通過警告燈向騎手報警。
因此，檢修時應優先借助于ECU的故障診斷接口（插座），按特定的程序用人工跨接的方法或使用故障診斷儀，將ECU存儲器中的故障代碼調出，并以燈光閃爍的方式或直接由診斷儀顯示屏以數字形式顯示出來，從而幫助維修人員快速正確地判斷故障的類型和范圍。
待故障代碼所指的故障消除后，如果發動機故障現象還未消除，或者開始就無故障代碼輸出，則再對發動機可能的故障部位進行檢查。
故障排除后，同樣按特定的程序，用人工方法或借助于診斷儀，將存儲在ECU存儲器中的故障代碼清除掉，以便記錄和存儲新故障碼。
如果不清除舊的故障碼，當發動機再次出現故障后，ECU把新舊故障碼一并輸出，使得維修人員不知道哪些是發動機真正存在的故障，哪些是以前已經排除的故障，使新舊故障代碼混淆，給檢修帶來困難。
5、先思后行
眾所周知，亂拆瞎碰，只能將小故障變成大故障，甚至造成無法挽回的狀況，帶來不應有的損失。因此，必須首先對發動機的故障現象進行故障分析，了解可能的故障原因有哪些，然后再進行故障檢查。只有這樣才可避免故障檢查的盲目性：既不會對與故障現象無關的部位做無效的檢查，又可避免對一些有關部位漏檢而不能迅速排除故障。
6、先備后用
電噴系統的一些部件性能好壞，電氣線路正常與否，常以其電壓或電阻等參數來判斷。如果說沒有這些數據資料，系統的故障檢查將會很困難，往往只能采取新件替換的方法，這些方法有時會造成維修費用猛增且費工費時。
因此在檢修時，應準備好維修車型的有關檢修數據資料。除了從維修手冊、專業書刊上收集整理這些檢修數據資料外，另一個有效的途徑是利用無故障車輛對其系統的有關參數進行測量，并記錄下來，作為日后檢修同類型車輛的檢測比較參數。如果平時注意做好這項工作，會給電噴系統的故障檢查帶來方便。
特別注意：電噴發動機的故障并非一定出在電噴系統。如果發現發動機有故障，而故障警告燈并未點亮（未顯示故障代碼），大多數情況下，該故障可能與電噴系統無關，此時，就應該像發動機沒有裝電噴系統那樣，按照基本診斷程序進行故障檢查。
否則，可能遇到一個本來與電噴系統無關的故障，卻檢查電噴系統的傳感器、執行器和電路等，花費了很多時間，而真正的故障反而沒有找到。
