雅馬哈YZF-R3和R25都是以“每天都想騎上它的運動型摩托車”為概念進行開發設計的，R3在同級別車型中擁有最高的功率輸出，將引擎排氣量從250cc升級到320cc，R3不只是最大功率的提升，還有中低速容易操控和優秀的中高速速度感和省油等特性，由于排氣量的提升，帶來更充裕的動力和強勁的扭矩，在正常街道上騎行也有著良好的操控性能，引擎性能全面超越R25的R3擁有可媲美400cc級別車型的高性能。
雅馬哈R3和R25外觀的差異主要是來自：1、輪胎 2、腳踏護板 3、儀表板高轉速告之區域(紅線區域)。
在車體重量方面，搭載ABS的雅馬哈R3重量是169kg，ABS版R25則是168kg，只多了1kg 的R3在規格上和R25幾乎沒有太大的差異，具體差異來自輪胎，R25采用速度等級為S的輪胎，R3則是采用米其林H級輪胎(輪胎速度等級：S級最高速度180km/h，H級最高速度210km/h)。除此之外，雅馬哈R25和R3的車體設計屬同一產品平臺，另一個細微差別點是腳踏護板蓋，R25追求輕量化在腳踏護板上開孔以求減重，R3則是常規設計沒有空洞，以上這些都是雅馬哈R25和R3的差異點。
另外，R3的最高功率31kW/10750轉，R25是27kW/12000轉，所以儀表板上的紅線區也是不相同的。雅馬哈R3和R25的“隱性”差異包括：ECU的設定、節氣門的怠速空氣閥/怠速控制器的設定、空濾接管的長度、散熱風扇的性能以及排氣管等。
| 車型 | 重量 | 功率 | 功重比 |
|---|---|---|---|
| YZF-R3 ABS | 169kg | 31kW | 5.45 |
| YZF-R25 | 166kg | 27kW | 6.15 |
| 常規250CC 全覆式摩托車 |
164kg～174kg | 21～23kW | 7.8～7.57 |
| 常規400CC 全覆式摩托車 |
194kg～211kg | 32～34kW | 6.1～6.2 |
雅馬哈R3的最大魅力之一就是它在同級別車型中擁有最大的功重比，250cc級別的輕量車車(169kg)搭配上320cc高性能引擎的R3，功重比是5.45，功率重量比是指每1kg的功率，數值越小越加速性越好(僅供參考)，R3比常規400cc全覆式運動型摩托車的功重比都要出色。
雅馬哈R3以250cc級別的輕體車身搭載320cc高性能引擎，是一款非常令人驚艷且值得期待的車型。
